Ja, dann hast du genau den Fehler gemacht wie wahrscheinlich zig andere. Du lässt deine schnellen SATA Platten und Geräte im dummen IDE Emulationsmodus laufen. Damit hast du zu dummen IDE Platten usw. nichts gewonnen technisch und hättest alle Platten auch als IDE Platten kaufen können.
Alle schnellen Vorteile von SATA wie Native Command Queueing etc. schmeisst du so über Bord und nutzt sie nicht. Vermutlich hast du deine Platten auch auf SATA I gejumpert gelassen wenn du einen SATA II Controller hast. Damit rennen sie dann auch nur halb so schnell...
Es ist auch völlig klar warum Windows die Platten nicht mehr findet. Wenn du wie es richtig ist auf AHCI umschaltest, dann erfordert das bei der Windows Installation die Einbindung des SATA Treibers mit der F6 Taste. Windows fordert dazu auf bei der Installation.
Dann wäre deine SATA Installation korrekt und dür würdest nicht in so ein Problem laufen.
Du hast Windows mit dem dummen Standard IDE Treiber installiert. Der findet die Platten nicht mehr wenn du sie so einfach im BIOS umstellst.
Sowas muss man VOR der Installation von Windows bedenken !!