Windows Server 2003 extrem langsam

Hallo Miteinander

Ich habe folgendes Problem:

Im Dezember 2009 wurde bei einem KFZ Unternehmen mit 4 Arbeitsplätzen ein Server für diverse Anwendungen installiert.

Server : HP Proliant ML110 G5 / 3GB RAM / 500 GB SATA RAID 1 / Intel XEON Prozessor (Quad Core)
Betriebssystem : Windows Server 2003 R2

Es wurden von 3 verschiedenen Firmen KFZ - Werkstättenprogramme installiert, auf denen die Clients zugreifen.
Ausserdem läuft auf dem Server noch Active Directory mit DNS und die Files liegen auch dort.
Ausserdem läuft am Server noch Kaspersky Business Space Security und ein VNC Viewer, Cobian Backup.

Als das System fertig installiert war, lief alles einwandfrei....bis vor ein paar Monaten.
Plötzlich lief der Server extrem langsam, nicht nur der Zugriff der Clients auf die Anwendungen am Server, sondern auch am Server
selber ist ein Arbeiten nicht mehr sehr angenehm.
Allein um den Arbeitsplatz zu öffnen benötigt der Server fast 15 Sekunden, bei wechseln in einen anderen Ordner ebenso 10 - 15 Sekunden.
Beim deinstallieren von Programmen braucht der Server eine kleine Ewigkeit.
Der Taskmanager zeigt keine auffälligen Prozesse an, nur der Explorer Prozess lastet die CPU mit ca. 30% aus....kommt mir etwas viel vor.
Ausserdem steigt die Speicherauslastung eines SQL Server Prozesses mit der Zeit immer mehr an. (bis an die 700MB) darf das sein ???

Ich hab bereits alle Programme die am Server nicht benötigt werden deinstalliert (Adobe Reader, usw.) leider ohne erfolg.
In der Systemconfiguration (MSCONFIG) habe ich versucht den Server im Diagnose Systemstart Modus hochzufahren. (Nur grundlegende Dienste werden gestartet)
Leider auch ohne Erfolg.
Auch das Beenden von Kaspersky, VNC und Backup hat keinen Erfolg gebracht.

Auch der Startvorgang "Windows Server" dauert extrem lang; besonder lange dauert "Computereinstellungen werden übernommen" (letzter Schritt bevor die Anmeldung erscheint)

Im abgesicherten Modus hingegen läuft der Server ganz normal, auch der Startvorgang ist sofort abgeschlossen.

Nach einem Telefonat mit HP wurde mir gesagt ich solle mit diversen Systemtools die Hardware checken (online und offline mit Boot CD) und die
Protokolle zum HP Support senden.
Laut diesen Protokollen konnten an der Hardware keine Fehler gefunden werden, diese ist also vollkommen OK.
Einzig und alleine wurde mir von HP ein BIOS Update empfholen. folgender Link.

http://h20000.www2.hp.com/bizsupport/TechSupport/SoftwareDescription.js ...

Aber kann das BIOS denn schuld sein???

Nun meine Frage:
Wie soll ich nun weiter vorgehen um das Problem einzugrenzen oder am besten zu lösen.
Das Problem ist das der Chef dieses KFZ Unternehmens schnell eine Lösung möchte (ja natürlich).
Die 3 anderen Firmen meinen es liege nicht an deren Anwendungen und ein Microsoft Support kostet.
Und mein Chef sitzt mir natürlich auch im Nacken.

Vermutlich wurde iergendwann am Server etwas installiert (Update oder so) und seither besteht das Problem....ich glaube von einer der 3 Fremdfirmen.

Ich bitte Euch um Hilfe und bedanke mich schon mal im Vorraus für Eure Bemühungen.

LG Marko

Hier noch ein paar vielleicht nützliche Screenshots :
*gelöscht*