Windows Server 2003 mit Winline, total langsames Netzwerk seit Virus

Hallo,

also ich versuche mal soviele wie möglich Angaben zu machen und erhoffe mit nützliche Hinweise, da ich absolut kein Plan habe was es sein kann:
Wir haben einen D-Link Server mit Win 2003 Server und officeanwendungen, und außerdem läuft darauf noch die Winline Software, sprich wenn wir uns an unseren Arbeitsstationen anmelden, greifen wir uns alle notwendigen Sachen vom Server ab und arbeiten dann lokal auf der Workstation. Das Netzwerk basiert auf 100MBit.
Wir hatten vor einiger Zeit einen Virus der aber durch Northon AV und IS entdeckt und entfernt wurde, aber seit dem Tag ist das Netzwerk extrem langsam, das heisst wenn man z.B. einen Lieferschein schreibt und dann parallel einem Kunden Preise sagen will dann hängt es komplett und es dauert mit unter Minuten eh was passiert. Der Taskmanager des Servers läst aber auch keine Rückschlüsse zu dass er selbst üebrlastet ist, denn die Auslastung der CPU ist unter 10% und der Speicher ist auch im absolut normalen Auslastungsbreich!
Kann mir jemand Ansatzpunkte geben was man alles Prüfen kann um eine Lösung des Problems zu bekommen. Ich bin für jede Hilfe dankbar!!!

MfG Nabucco der Ratlose