Acronis Disk Director hat Laufwerksbuchtabe vertauscht was nun

Ich habe mit Acronis Disc Director Suite meine C und E Partition zusammengeführt. Nach einem Neustart ging dann nix mehr. Über die Reparaturkonsole von Windows konnte ich lediglich in der DOS Box feststellen, dass offensichtlich die vorher leere E nun C ist und auf der E das Windowszeug liegt (aber kein command.com o.ä) Wer kann mir helfen, ohne dass ich eine Neuinstallation durchführen muss?