Problem mit ntBackup seit Servercrash

Vor anderthalb Wochen hat sich das Motherboard unseres SBS2003 verabschiedet und hat offensichtlich bei der Gelegenheit auch gleich zwei unserer Festplatten gehimmelt. Durch eine ungünstige Konstellation von Umständen war das Backup veraltet (es wird normalerweise jede Nacht gesichert) mussten die Daten von den ebenfalls in Mitleidenschaft gezogenen Festplatten (defekte Sektoren auf der Datenfestplatte) kopiert werden. Habe also in einer langen Wochenendschicht das folgende gemacht:

Festplatte C: und D: per Acronis TrueImage auf separate Platte gesichert und das jeweilige Image auf zwei neue Festplatten zurückgeschrieben, dabei mittels Acronis UniversalRestore die Treiber für den Raidcontroller des neuen Motherboards integriert.
Der Systemstart brachte nur noch einen Bluescreen, also Reparaturinstallation mittels der SBS2003-CD's. System fuhr anständig hoch, darauf alle Updates und Servicepacks installiert, Datenbanken repariert und online gestellt. Es funktioniert jetzt soweit alles wieder reibungslos, besser als ich erwartet hätte.

Das einzige was massiv Ärger macht ist ntBackup. Die Sicherung läuft wie geschrieben jede Nacht und jeden Morgen habe ich "Fehlgeschlagen in den Logs stehen. Das Sicherungslog beginnt folgendermassen und von den Fehlereinträgen gibt es hunderte:



Es sind nur Dateien betroffen, die nach dem Systemcrash angelegt oder geändert wurden, alles alte lässt sich problemlos sichern. Um das Ganze noch mysteriöser zu machen: Im Ereignislog stehen NTFS-Fehler, chkdsk findet jedoch keine Fehler. Die Dateien sind auch nicht kaputt, sie lassen sich öffnen und kopieren und auch sonst arbeiten sie problemlos, nur sichern lassen sie sich nicht.

Ich bin mit meinem Latein am Ende, hat jemand eine Idee?