Probleme mit WIN 2000 PRO nach Einbau 2ter Fp und Clonen mit Ghostpe

Hallo liebe Expertengemeinde, ich habe folgendes Problem: bei mehreren PC' s mit
Windows 2000 Pro und 40 GB Festplatte sollen jetzt zur Ausfallsicherheit der lokalen
Daten jeweils eine weitere Fp eingebaut werden und ein Clone mit Ghostpe erstellt werden.
Desweiteren sollen dann mithilfe eines Skripts beim Runterfahren wichtige Dateien auf die 2te Platte kopiert werden.
Nun aber zu meinem eigentlichen Problem: nach dem Clone fahre ich das System hoch, klappt auch alles wunderbar, ein neuer Datenträger wird erkannt und in der Eingabeauffoderung liegt das System auf C:\! Nach einem Neustart setzt er dann automatisch das System auf E:\!
Selbstverständlich boote ich aber noch von der Originalplatte. Bin fast schon am verzweifeln, da ich absolut schon alles ausprobiert habe und nicht mehr weiter weiss. 2te Platte im Bios deaktivieren, mit Part die 2te Platte als inaktiv setzen usw.
Bitte dringend um Hilfe!!!