Windows Anwendung auf Samba - nur bedingt Update möglich

Hallo Linuxfreunde,
ich habe ein etwas seltsames Problem auf einem Server mit Samba, wo auf einem freigegebenen Verzeichnis ein Windows Prog läuft.
Das Programm ist ein ziemlich umfangreiches Prog mit eigener Datenbank, welches nicht auf Windows installiert werden muss.
Prinzipiell arbeitet das Prog fehlerfrei und problemlos. Einzig die regelmäßigen Updates funktionieren nur bedingt.
Blöderweise lassen sich die Update-Dateien nicht per Hand einspielen, es wird ein Update-Tool gestartet, welches die Dateien aus dem Netz holt und selber in die entsprechenden Ordner installiert. Dabei werden etwa 80 bis 100 Dateien geupdatet.
Dabei funktioniert das Update bei 4 bis manchmal 8 Dateien nicht. Das UpdateTool meint, die Datei wäre nicht vorhanden und es könne deshalb kein Update erfolgen.
Die Dateien sind aber alle da, und wenn ich diese (soweit bekannt) vor dem Update per Hand lösche, werden diese auch neu installiert und alles ist OK.
Doch ist das natürlich keine tolle Lösung. Da das Update immer aus dem laufenden Programm heraus gestartet wurde, dachte ich das möglicherweise die Dateien vom Samba noch nicht freigegeben wurden und habe deshalb erst einen Samba restart gemacht und danach das Updatetool extern gestartet, hilft aber nichts.
Die Softwareentwickler habe ich schon befragt, dort meint man es sei ein Problem auf dem Linux-Server. Nur welches??
Kann ich evl. beeinflussen wie Dateien nach Benutzung freigegeben werden? Oder ist das Problem ein völlig anderes?