Zwei aktive Domänenkontroller im selben Netz oder Virus - was hat die Files zerstört?

Folgendes ist uns passiert: eine Vertragsfirma hat in unserem Betrieb ein Datenerfassungsnetzwerk eingerichtet. Zufällig hat diese Firma für ihr Netzwerk den gleichen Domäne-Namen verwendet, den unser LAN auch hat. Beide Netzwerke basieren auf Windows Server 2003 R2 (Standard Edition) und haben je einen aktiven Domäne-Kontroller, das LAN hat weiters zwei redundante (sekundäre) Domäne-Kontroller, wobei der eine 200km entfernt an einem anderen Ort steht. Das Datenerfassungsnetzwerk stand mit unserem LAN über eine LINUX-Hardware-Firewall in Verbindung, wobei nur 5 ausgewählte Ports zum Datenaustausch von der Vertragsfirma freigegeben waren.
Nach Inbetriebnahme der Verbindung sah alles fein aus, aber 18 Stunden später standen in unserem Betrieb plötzlich alle netzwerkbasierten Anwendungen (Outlook-Mail, Etikettierstation, ...). Als ein paar Stunden später der Servicemann von Microsoft eintraf stellte er fest, daß beim aktiven LAN-Domäne-Kontroller als auch beim lokalen sekundären Domäne-Kontroller wichtige Files (DNS-Listen, ...) unwiderbringlich gelöscht waren. Wie das genau geschah, ließ sich nicht mehr feststellen, weil auch die Event-Viewer Files an beiden Servern gelöscht waren. Er meinte, es könnte entweder durch einen Virus oder durch einen Konflikt aufgrund der gleichnamigen Domänen dazu gekommen sein. Wir hatten uns leider vor ein paar Wochen Conficker.B eingefangen und Kasperski-Antivirus schlägt auch jetzt täglich noch mehrmals Alarm, weil offensichtlich noch immer Viren in unserem Netzwerk aktiviert werden.
Was mir an der Erklärung mit dem Domäne-Kontroller-Konflikt nicht klar ist, warum das Problem nicht sofort nach Inbetriebnahme aufgetreten ist, warum auch Log-Files verschwunden sind und warum das Problem sowohl am aktiven als auch an dem einen redundanten Domäne-Kontroller aufgetreten ist. Auch denke ich, daß Windows keine so simple schwere Verwundbarkeit eines Netzwerks zulassen würde. Ein Angreifer bräuchte ja nur einen Laptop als aktiven Domäne-Kontroller mit demselben Domänenamen wie das Zielnetzwerk aufsetzen und sich bei passender Gelegenheit irgendwo ins Netzwerk zu hängen, um es schwer zu schädigen?
Da ich nur IT-Laie (Prozessingenieur) bin möchte ich Experten fragen, ob bei jemandem schon einmal ein gleiches Problem aufgetreten ist und ob es wirklich durch einen Domäne-Konflikt zu einer solch schweren Schädigung kommen kann?