Ständig Zertifikatsprobleme mit IE11 unter Windows 7 Prof. innerhalb der Domain

Wir haben hier einen Server 2008 R2 mit einer installierten Apache Tomcat Installation.
Wenn ich nun mit einem neu installierten PC die Webanwendung vom Server aufrufen will, bekomme ich immer die Fehlermeldung:
"Es besteht ein Problem mit dem Sicherheitszertifikat der Website.
Das Sicherheitszertifikat dieser Website wurde nicht von einer vertrauenswürdigen Zertifizierungsstelle ausgestellt. "
Auch wenn ich das Zertifikat in die vertrauenswürdige Stammzertifizierungsstelle importieren lasse, wird es nicht besser. Obwohl gemeldet wird, der Importvorgang sei erfolgreich gewesen.
Starte ich danach den IE11 oder den PC neu, ist alles wieder beim alten. Eigentlich müsste nach dem import die Fehlermeldung doch weg sein und nicht mehr wiederkommen?
Bei den anderen PCs bin ich die Internetoptionen durchgegangen und habe keine besonderen Einstellungen gefunden.
Wie bekomme ich diesen Fehler weg?
War haben hier nur noch lokal Avira laufen. Auch auf den alten PCs. Und da geht ja alles im lokalen Intranet.