Domain umbenennen oder andere Lösung? Domain SERVER.domain.de anstatt SERVER. Suffix ist dann SERVER.domain.de.domain.de

Hallo,

noch unter windows 2003 wurde die Domäne im AD mit server.domain.de erstellt.
Diese Adresse ist auch als externe Domain registriert.

Nach Umzug auf einen Exchange2010 (läuft noch parallel zu Exchange 2003) nehmen Probleme mit einige Zertifikaten oder DNS Abfragen zu.
Z.B. bei Start des Outlook auf TS "Warnung der Domainname stimmt nicht mit Zertifikat überein..."

Wie im Titel beschrieben wird bei der Abfrage nach interner Domain das Suffix .domain.de erneut angehängt.
Die DNS Abfrage von SERVER.domain.de. (mit Punkt am Ende) zeigt auf die interne IP.
Die Abfrage von SERVER.domain.de (ohne Punkt am Ende) hängt das Suffix an und bestätigt die Adresse mit SERVER.domain.de.domain.de inkl. externer IP Adresse.

Wir haben daran gedacht die Domain in SERVER umzubenennen, allerdings von den vielfachen Problemen auch im Zusammenhang mit Exchange 2010 gelesen.
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Der Server (AD 2008R2) ist für 250 Accounts zuständig und in fast 8 Jahren gewachsen, wenn es eine Lösung gibt die ohne manuelles Neuanlegen der Domain funktioniert würden wir uns einige Nachtschichten sparen.

Habt Ihr eine Idee in welche Richting ich weiter machen soll oder kann?
Vielen Dank im Voraus